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医院信息系统是指利用计算机软硬件技术和网络通信技术等现代化手段，对医院及其所属科室的人流、物流、资金流进行综合管理，采集、存储、处理、提取，传输和汇总医疗活动各阶段产生的数据，并对各种信息进行处理，为医院自动化管理和各项服务信息系统的整体运行提供全面的信息。
在功能和系统划分上，医院信息系统可分为三个部分：满足管理要求的管理信息系统；满足医疗要求的医疗信息系统；满足上述两个要求的信息服务系统。每个子系统可分为若干个子系统。另外，很多医院还承担着临床教学、科研、社会医疗、医疗保险等任务，因此在医院信息系统中也应该建立相应的信息系统。
医院信息系统是医院各科室各种业务和医疗活动的数字化、网络化管理和数据处理。它涉及到所有的信息管理，主要包括以下四类子系统。
1. 行政管理系统
在医院信息系统中，医院行政管理子系统涉及医院各科室的行政管理，主要包括人事管理系统、财务管理系统、后勤管理系统、药房管理系统、，医疗设备管理系统、门外科及住院病人预约系统、病人住院管理系统等。医疗管理系统
医疗管理系统主要是对医院所涉及的医疗业务进行信息处理，主要包括门急诊管理系统、病历管理系统、医疗统计查询系统、血库管理系统等
3。决策支持系统
决策支持系统主要研究医疗服务质量，包括医疗质量评价系统、医疗质量控制系统等。其他辅助系统
除上述行政管理系统、医疗相关业务处理系统外，还有其他辅助系统，如医疗信息检索系统、医疗数据库系统等。
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