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Mega5构建系统发育树NJ和MP。邻接距离矩阵（NJ）是构建系统发育树最常用的方法。它可以快速构建系统发育树，也适合于大数据集的分析，可以快速进行自扩展测试，但缺点是分析的进化距离不能太大。最大简约法在处理核苷酸替换时不需要距离法或似然法的假设，因此在序列离散度较低时，最大简约法可以得到更可靠的系统发育树。
比较的时间应该不同。在分析距离或系统树时，可以选择完全或成对删除间隙/缺失数据项。
应该删除引物序列，因为它是我们自己设计的。
我们需要设计退化引物，对吗？
最好使用CDs序列进行比对，然后根据保守区域设计简并引物。CDs两端的非翻译区在种间差异较大，不适合设计引物。
从每个物种获得的CD应制作成FASTA格式，序列应制作成纯序列格式，没有任何其他字符。然后与比较软件进行比较，如mega、dnaman或vector-NTI。
我们可以通过在比较结果中找到非常保守的区域来设计简并引物。
设计的简并引物可根据经验公式自行计算TM值。别担心得分。因为你只能在保守地区设计引物。
这是DNA序列比对。有保守区和非保守区。在我看来，底漆的3“端应该位于最保守的区域。
你的工作应该是在一个物种中找到一个基因的直系同源，然后做进化树。有许多软件可以做多重序列比对。我在dnaman中使用比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对比对。我想给你推荐一些软件。一个是clustalx，另一个是Mega。两种软件都可以用于蛋白质多序列比对，而后者功能更强，也可以用于进化树分析。将从NCBI找到的所有CD导入软件（通常，蛋白质序列用于同源性分析）。然后与软件进行比较。结果可以以各种形式输出，如FASTA或其他格式。我在这里不多谈这个软件的用法。我得看一下特别手册。如果你还是不明白，给我留言
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