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主要区别在于重组元件和基因标记的表达。启动子和终止子被宿主识别。真核生物可能需要增强子，如果重组进基因组，就需要介导重组的序列。大多数筛选标记是不同的。
在宿主中以质粒形式存在的真核表达载体可以被复制。哺乳动物细胞中没有质粒，外源基因整合到基因组中，无法扩增。通过集成多个站点产生多个副本。
如果载体被重组，它不会。;没关系，它 ■都是一样的酶消化和连接。细菌转化也是如此。细菌中也可以加入真核载体。
如果表达，一般是通过ISPG直接转化细菌表达，表达的蛋白通常以包涵体或分泌蛋白的形式存在。如果这种蛋白来源于真核基因，可能不具备相应的蛋白生物活性，因为原核表达缺乏真核转录后的蛋白修饰机制。然而，原核表达的蛋白质易于纯化，并且易于获得纯化的蛋白质用作免疫原。
而真核表达则是通过脂质体或
瞬时表达，即瞬时转染后的初始阶段，质粒或DN段在细胞内是游离的，可以表达，称为瞬时转染表达。随后有两种驯化的质粒或DN段游离在细胞中，一种是降解的，另一种是插入染色体中并能持续稳定表达的。
在载体选择方面，可以不使用筛选标记进行瞬时表达，如NEO抗G418，但也可以使用稳定表达载体进行瞬时表达。
植物瞬时表达系统
当外源基因导入植物细胞时未来有两种表达瞬时表达和稳定表达。在瞬时表达状态的基因转移中，导入细胞的外源DNA和宿主细胞的染色体DNA不整合。一般这些DNA在载体进入细胞后12小时内即可表达，持续时间约80小时。在稳定表达状态的基因转移中，导入宿主细胞的DNA整合到细胞的染色体DNA中，以永久形式存在，并能遗传给后代，形成稳定的转化细胞。基因导入方法可分为间接转基因方法和直接转基因方法。
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