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图形数据库中的每个对象都是一个节点，它们之间的关系是一条边。与关系数据库相比，图形数据库能够处理大量复杂的、互联的、低结构的、变化迅速的、需要频繁查询的数据。在关系数据库中，这些查询会导致大量的表连接，从而导致性能问题，不便于设计和使用。
图形数据库适用于社交网络、推荐系统和其他侧重于构建关系图的系统。
图形数据库的代表有neo4j、flockdb、infogrid、allegrograph、graphdb等。
neo4j是一个数据库（可以理解为类似HBase的东西，但neo4j几乎是一个独立的数据库。与HBase不同，HBase的数据存储在HDFS上，由HDFS进行维护。HDFS将数据存储在exFAT和其他独立文件系统上。
Neo4j将数据直接格式化到独立的文件系统。每个服务器都存储完整的图形数据。Graphx是一个计算引擎（类似于MapReduce）。它的数据是使用SQL从shark读取的，或者RDD操作符从文件读取，然后直接计算。另外，数据库和计算引擎都可以执行计算任务，但数据库的接口相对较弱，只支持简单的查询，计算引擎提供了强大的计算接口，便于编程。PageRank和其他的图形算法很容易实现。Graphx应该更便于数据挖掘。由于有几个通用编程端口，neo4j需要编写自己的代码。编程很麻烦，但在性能上可能有优势
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