主要是指同源蛋白质的氨基酸序列或碱基序列的相似性。主要包括氨基酸序列和碱基序列。在NCBI或ClustalW软件中比较几个相似或相关的氨基酸或碱基序列,以确定相似度。相似度越高,同源性越高。
首先,打开bioedit软件,导入拼接样本序列和标准子类型参考序列
文件新对齐序列新序列导入拼接样本序列和标准参考序列(使用文本文档中的复制和粘贴工具)应用并关闭以保存结果,关闭窗口第二步,单击菜单栏上的附件应用程序按钮,选择[ClustalW multiple alignment
文件打开附件应用程序ClustalW multiple alignment
第三步:对齐后,删除对齐序列两端的冗余序列,使所有序列长度相等
选择要编辑的序列编辑序列编辑序列并保存修改后的结果
第四步:选择序列菜单下的gap,点击第五步,将对齐的序列保存为FASTA多重序列比对是分子生物学中的一种基本方法。它被用来发现特征序列,分类蛋白质,证明序列之间的同源性,帮助预测新序列的二级和三级结构,确定PCR引物,分析分子进化。ClustalW(DOS版本)非常适合这些需求。Clustalx是一个窗口版本。有时我们需要把聚类后的序列变成一张图片,放到文章中进行详细的分析,但大多数人的方法都是直接截图,结果是图片一点都不漂亮。如果你想发表文章或其他重要的目的,图片的质量还是需要更高的。
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